Ao logar no cPanel, selecione a aba Arquivos e em seguida clique em Backups:
Na próxima tela, você visualizará as opções: Backup Completo e Backups Parciais
Backup Completo: Incluir o Backup de diretório pessoal / bancos de dados Mysql / e-mail em um só arquivo.tar.gz.
Backups Parciais: Você escolhe se precisa do diretório pessoal / bancos de dados Mysql / e-mail e baixa o arquivo.tar.gz.
Ao clicar no botão Diretório Pessoal o arquivo será baixado em seu PC. Escolha o diretório no mesmo.
Pronto!!! Seu backup esta feito...